El museo está ubicado en una antigua casa del barrio de Belgrano. Más de 80 guías reciben cada día a cientos de estudiantes.
Lo primero con lo que uno se enfrenta es con una pequeña habitación, con una cama y un escritorio, decorada con fotos de famosos, revistas, libros y un diario íntimo. Para ingresar allí hay que pasar agachado por una puerta escondida detrás de una biblioteca que da a otro cuarto con una cama, un lavatorio, una sala de estar, una cocina y una escalera a un supuesto ático. Ésta es la descripción de la casa de Ana Frank en Amsterdam, Holanda, que se conserva como museo, pero también es la descripción de lo que se puede ver en el Centro Ana Frank Argentina.
Este museo, que cumple un año el 12 de junio y está ubicado en una casa del barrio de Belgrano, está conformado por una imitación del cuarto de la joven alemana que pasó más de dos años de su vida (de 1942 a 1944) escondida de los nazis en la parte trasera de una vivienda ubicada en la capital holandesa. Y es inevitable sentir un escalofrío al entrar allí y ver las tristes condiciones de encierro y silencio en las que vivió la familia Frank, junto con otras cuatro personas. El Centro Ana Frank Argentina tiene alrededor de 80 guías voluntarios adolescentes que se capacitaron y reciben a los grupos de colegios y universitarios, que son el público mayoritario del museo. En la planta baja hay una muestra permanente de fotos y textos sobre la vida de Ana antes de la guerra. Estos están presentados como una línea del tiempo que, paralelamente, expone fotos de la evolución del nazismo durante esa época en Europa.
En su diario, Ana nombra a un castaño que ella miraba por la ventana y que era su único contacto con la naturaleza durante el tiempo que debió pasar escondida. Por eso, en el patio del museo argentino -que fue armado en una vivienda conocida como Casa de Hilda y donde se dio refugio a personas perseguidas durante la última dictadura militar- se plantó este árbol.
En el primer piso, donde se encuentra la imitación de La Casa de Atrás, como Ana llamaba en su diario «El escondite», también hay un auditorio, donde se proyecta Free2choose, una presentación interactiva que consiste en una serie de videos sobre diferentes tipos de libertad: de imprenta, de videojuego, de expresión, entre otros. Esto conlleva a un debate entre los chicos que asisten al museo sobre la libertad y la censura de libros, canciones y juegos con contenidos racistas, homofóbicos y violentos.
La última habitación contiene una muestra llamada «De la dictadura a la democracia», en donde se traza un paralelismo con la Segunda Guerra Mundial y el último Gobierno militar en el país. Además, en el museo, abierto de martes a sábados de 14 a 19 y que ha viajado por varias provincias argentinas, se proyecta el film «La corta vida de Ana Frank».